Госпиталь Сант Жуан де Деу Барселона располагает аккредитациями трех типов: европейскими, национальными и региональными.
Этими официальными статусами признается, помимо прочего, клинический опыт отделений и подразделений, способность проводить научные исследования, осуществлять обмен информацией и работать в сети, а также подготовка собственных специалистов и материально-технической базы.
Говоря точнее, клиника имеет приблизительно 60 аккредитаций, что на карте Европы выводит нас в число ведущих учреждений по редким заболеваниям, а также включает в состав ведущих учреждений по детским заболеваниям, утвержденных Министерством здравоохранения и Женералитатом Каталонии.
Некоторые отделения и подразделения клиники входят в состав сетей по лечению и изучению редких заболеваний. Причиной этого является то, что распространенность некоторых патологий очень мала среди детей, и поэтому они называются орфанными болезнями (болезнями-сиротами). Это часто бывает, например, с определенными онкологическими или неврологическими заболеваниями, среди прочих.