En el momento de elegir la zona de Barcelona donde ubicar el nuevo hospital, se analizó la cobertura de otros centros y se decidió que había una zona con poca atención sanitaria pediátrica: el suroeste de Barcelona y su comarca. El lugar más idóneo fueron unos terrenos de la compañía eléctrica FECSA en el barrio de Finestrelles de Esplugues de Llobregat. En 1970 allí fue donde se empezó a construir el actual hospital.
Durante el primer año de funcionamiento, en 1973, ya se atendieron 2.100 partos, 122.000 consultas externas, 15.000 ingresos y 38.000 urgencias. Los informativos de la época se hicieron eco de la puesta en marcha del centro.
En 1985, en plena crisis económica, el Hospital entró a formar parte de la Red de Hospitales de Utilización Pública (XHUP). Sin embargo, y debido a los problemas financieros, tuvo que hacer una reducción de plantilla.
La integración progresiva en la XHUP y también en la Universitat de Barcelona para convertirse en un hospital universitario, así como la alianza con el Hospital Clínic, contribuyeron a la expansión del centro durante los años noventa y principios del siglo XXI.
En el año 2004 se puso en marcha el programa estratégico PAIDHOS 2004-2008 que posicionó el centro como un hospital terciario.
La crisis de 2008 provocó un recorte del presupuesto de la sanidad pública, de un 15%, que afectó a todos los hospitales públicos o concertados. El Hospital Sant Joan de Déu Barcelona tuvo que reducir salarios, número de profesionales y número de camas para poder hacer frente a esta difícil coyuntura.
